Le nouveau texte du 24 avril 2014 BOI-BIC-RICI 10102030 n’a pas changé la règle de prise en compte de la sous-traitance dans le CIR .
Il ré-exprime dans son paragraphe 220 qu’une entreprise peut « prendre en compte dans la base de son calcul de son crédit d’impôt recherche les dépenses confiées à des organismes privés agréés » dans la limite de plafonds prévus aux d bis et d ter du II de l’article 224 quater B du CGI.
Il est rajouté (sans changement depuis 2000) que l’organisme agréé précité doit alors déduire de la base de son calcul de son propre crédit d’impôt recherche les sommes reçues des organismes pour lesquelles les opérations sont réalisées et facturées ». Un organisme agréé peut donc tout à fait déclarer pour son propre compte un CIR à partir du moment où il prend soin de déduire de sa base les prestations facturées prises en compte dans le CIR de ses clients. Le texte rappelle la raison de cette mesure : « cette disposition a pour objet d’éviter que les mêmes opérations de recherche ouvrent droit deux fois au crédit d’impôt »

Le texte du 24 avril 2014 apporte trois précisions par rapport à la rédaction de 2000. Les deux premières sont des confirmations de l’esprit de la loi, la troisième en revanche a fait couler beaucoup d’encres :
1- « un organisme non agréé peut inclure dans la base de son crédit d’impôt recherche les dépenses exposées dans le cadre de recherche réalisées pour le compte d’entreprises auxquelles elles sont facturées » ceci vise à rappeler que les projets de recherche peuvent avoir pour objectif un développement interne de l’entreprise aussi bien qu’un développement en vue de la vente d’un service.

2- « si l’entreprise qui a confié les travaux de recherche à l’organisme de recherche agréé ne peut pas bénéficier du CIR en particulier parce qu’il s’agit d’un organisme public de recherche, l’organisme agréé n’est pas tenu de déduire de la base de calcul de son propre CIR les sommes reçues. » Ceci n’est pas nouveau en soi, mais infirme la position de certains contrôleurs qui considéraient que les prestations facturées à des organismes publics devaient être déduites de la base de calcul du CIR.

3 – « les plafonds prévus au d bis et d ter de l’article 244 quater B du CGI doivent être respectés, ce qui signifie que le montant des dépenses qui excède ces plafonds, qui ne peut pas être pris en compte dans l’assiette du crédit d’impôt recherche de l’entreprise qui confie la réalisation d’opérations de recherche à l’organisme de recherche privé agréé ne peut davantage être inclus dans la base de ce dernier. » Il est rajouté au paragraphe 226 que « le fait que cette entreprise renonce volontairement au bénéfice du CIR au titre de l’année considérée n’est pas de nature à permettre à l’organisme agréé de prendre les sommes correspondantes en compte pour le calcul de son propre CIR (l’organisme agréé doit donc les déduire de son propre CIR). »ce texte vise à dénoncer la pratique de certaines entreprises qui effectuent des prestations très importantes de sous traitance notamment intra groupe plafonnées à 2 millions d’euros et qui renoncent à déclarer les factures une fois que ce plafond est atteint pour permettre à l’organisme agréé (du même groupe donc) de déclarer les sommes dans son propre CIR. Le jugement du tribunal administratif de Montreuil du 1er juillet 2014 a confirmé cette position par décision n• 1307130 obligeant la société Altran Technologies à déduire de la base de son CIR 2007 des sommes facturées à un client qui avait renoncé au bénéfice du CIR sur cette facture parce qu’il avait atteint le plafond de sous-traitance. Ce jugement vient donc infirmer la position de ce même tribunal concernant le CIR 2006 de cette même société Altran Technologies par décision 1207416 mais confirmer la position du texte du 24 avril 2014 visant à dénoncer certaines pratiques d’optimisation fiscale des grands groupes : si une prestation est qualifiée de recherche l’entreprise bénéficiaire est maintenant obligée de la prendre en compte même si le plafond de sous-traitance est atteint.

Les PME agréés doivent-elle avoir peur de cette mesure ? Effectivement plusieurs entreprises agréées ont pris peur de voir leur CIR passé à zéro sous prétexte que tous leurs clients peuvent être réputés avoir renoncé au bénéfice du CIR. La réponse est : NON ! Cette crainte est injustifiée car si l’administration étendait ce raisonnement cela inciterait tous les clients d’organismes agréés à déclarer du CIR et risquerait d’augmenter le volume de CIR déclaré. Il faut considérer que cette jurisprudence sera appliquée surtout pour les entreprises qui renoncent au bénéfice du CIR EN RAISON DE l’ATTEINTE DU PLAFOND. Pour les autres cas, la méthode consistant à joindre au dossier des attestations des clients de non prise en compte dans le client reste une très bonne méthode préventive.
Quant à la Proposition de certains de limiter la déductibilité des sommes facturées au coût interne du projet dans les comptes de la société agréée, nous considérons qu’elle n’est pas souhaitable car permettrai à certains grands groupes de faire passer des marges importantes de recherche intra groupe au frais de l’Etat.